W epoce baroku powszechnym uznaniem cieszyła się nadal tradycyjna myśl chrześcijańska, wzbogacona o idee kontrreformacyjne, reformacyjne  i neostoicyzm Justusa Lipsiusa. Na skutek ruchów reformatorskich w Kościele, rozwoju edukacji, starannego kształcenia duchownych, misji ludowych  i polemik  religijnych, jej znajomość w społeczeństwie stała się głębsza niż w poprzednich epokach. Tradycyjna myśl dawała spójny obraz świata i konkretne zasady postępowania w codziennym życiu, tak aby osiągnąć zbawienie.

Istniała również filozofia elitarna, którą kształtowały wybitne indywidualności. Blaise Pascal przedstawiał człowieka jako trzcinę najwątlejszą w przyrodzie, ale trzcinę myślącą i dowodził, że opłaca się wierzyć w Boga (zakład Pascala). Dla panteisty Barucha Spinozy wszystko było częścią Boga. Tommaso Campanella przedstawił w swoim Mieście słońca idee komunizmu utopijnego. Z kolei Gottfried Wilhelm Leibniz, ostatni człowiek, który wiedział wszystko, uważał, że żyjemy na najlepszym ze światów, który składa się z niezależnych od siebie monad. Kartezjusz wyodrębnił w człowieku 4 płaszczyzny: umysł, intelekt, duch i rozum. Uważał ze Bóg jest substancją przenikającą wszystko, posiada najwyższy rozum, jest mądrością i mocą.

Wielki rywal Leibniza, Isaac Newton, oddzielił zdecydowanie nauki ścisłe (zajmujące się materią) od filozofii (badającej świat duchowy). Francis Bacon i Galileusz określili reguły nowoczesnej, empirycznej metody naukowej.

W dziedzinie metafizyki Arnold Geulincx i Nicolas Malebranche stworzyli kierunek zwany okazjonalizmem, a Francisco Suarez zapoczątkował nową odmianę scholastyki, opartą na pojęciu singuliariów.

W baroku rozkwitła myśl pedagogiczna. Jej najwybitniejszymi przedstawicielami byli François Fénelon, Jan Ámos Komenský (mieszkający przez wiele lat w Lesznie) i Charles Rollin. Wiele cennych spostrzeżeń psychologicznych zawierają z kolei Charaktery Jeana de La Bruyère'a.

Narodziły się nowe prądy w chrześcijaństwie, takie jak: amisze, arminianizm, baptyzm, jansenizm, kwakrzy, kwietyzm i pietyzm. Stopniowo zaczęły gasnąć spory między katolikami a protestantami; Leibniz i Jacques-Bénigne Bossuet snuli nawet plany połączenia ich znów w jeden Kościół.

W baroku żywa była także refleksja nad państwem. Wspomniany Jacques-Bénigne Bossuet i François Fénelon spierali się w sprawie jego ustroju. Pierwszy z nich uzasadniał absolutyzm, a drugi potępiał go w dziele Przygody Telemacha. Zasady absolutyzmu wyłożył również jeden z jego największych praktyków – kardynał Richelieu. W dziedzinie myśli politycznej, moralnej i psychologicznej wielką sławę zyskali Diego de Saavedra Fajardo i Polak Andrzej Maksymilian Fredro. Z kolei Hugo Grocjusz wyróżnił i opisał trzy rodzaje prawa: naturalne, stanowione oraz międzynarodowe; jego myśl rozwinął Samuel von Pufendorf. Thomas Hobbes sądził z kolei, że naturalnym stanem jest wojna wszystkich przeciw wszystkim i aby jej zaradzić, ludzie zawierają umowę społeczną, na mocy której powstaje władza.

W czasach baroku pojawiły się również pierwsze zwiastuny oświecenia. Kartezjusz dał początek racjonalizmowi (Cogito ergo sum), a John Locke – empiryzmowi (Tabula rasa). Za ojca libertynizmu uważa się Pierre'a Gassendiego.

Duży wpływ na rozprzestrzenianie się idei filozoficznych miała prasa, która pojawiła się w epoce baroku. Największe znaczenie zyskała francuska La Gazette, wydawana od 1631.